Auk reglubundinnar fjárhagsendurskoðunar sinnir Ríkisendurskoðun sérstöku eftirliti með framkvæmd fjárlaga í samræmi við lög um stofnunina.
Þetta verkefni felst í því að kanna hvort stofnanir fara að ákvæðum fjárlaga, fjárreiðulaga og reglugerðar um framkvæmd fjárlaga. Stofnunin hefur hingað til birt eina skýrslu árlega um niðurstöður eftirlits með framkvæmd fjárlaga en frá og með árinu 2010 er stefnt að því að fjölga þeim.
Skýrsla um framkvæmd fjárlaga janúar til ágúst 2010
Skýrsla um framkvæmd fjárlaga árið 2009 og janúar til apríl 2010