Sjálfstæði Ríkisendurskoðunar felst í því að þótt hún heyri stjórnskipulega undir Alþingi þá velur hún sjálf og skipuleggur verkefni sín.
Forsætisnefnd þingsins getur þó krafið stofnunina um skýrslur um málefni sem falla undir starfssvið hennar. Í slíkum tilvikum ákveður stofnunin hins vegar nálgun að viðfangsefninu, hvenær skýrslu er lokið og hvernig niðurstöður eru settar fram. Þá skulu starfsmenn Ríkisendurskoðunar í einu og öllu óðháðir þeim ráðuneytum og stofnunum sem þeir endurskoða eða hafa eftirlit með.
Stofnunin er því í senn sjálfstæð gagnvart Alþingi (upp að vissu marki) og algerlega óháð framkvæmdarvaldinu. Að þessu leyti er staða Ríkisendurskoðunar svipuð og systurstofnana hennar í nágrannalöndunum, m.a. á öðrum Norðurlöndum. Hvarvetna er litið svo á að sjálfstæð staða sé forsenda þess að ríkisendurskoðanir geti sinnt hlutverki sínu.
Sjá nánar: