1. Færa ber kostnað við viðhaldsdýpkun sem rekstrarkostnað Landeyjahafnar
   Ríkisendurskoðun bendir á að áætlanagerð þurfi að vera raunsæ og að framlög á samgönguáætlun og fjárlögum hverju sinni þurfi að vera í takt við kostnað við viðhaldsdýpkun, enda hefur hann reynst langt umfram upphaflegar áætlanir. Þá gagnrýnir Ríkisendurskoðun að kostnaður við viðhaldsdýpkun sé ekki færður sem rekstrarkostnaður Landeyjahafnar enda er sannarlega um rekstrarkostnað hafnarinnar að ræða.
    
2. Ráðast þarf í heildstæða úttekt á nauðsynlegum úrbótum
   Ríkisendurskoðun telur að nauðsynlegt sé að ráðast í heildstæða úttekt á Landeyjahöfn svo fá megi úr því skorið hvað raunverulegar endurbætur kosta (þ.m.t. á innsiglingunni) og hvort fýsilegt sé að ráðast í umfangsmiklar aðgerðir til þess að bæta nýtingu hafnarinnar í stað þess að kosta miklu til viðhaldsdýpkunar á ári hverju. Árið 2020 var ráðist í óháða úttekt á höfninni sem leiddi í ljós að miklar og kostnaðarsamar endurbætur þyrftu að eiga sér stað á höfninni og innsiglingu hennar væri markmiðið að ráða bót á framtíðarnýtingu hennar. Úttektin takmarkaðist þó við fyrir-liggjandi gögn sem komu einkum frá Vegagerðinni. Stjórnvöld þurfa að mati Ríkisendurskoðunar að taka afstöðu til þess hvort ráðist verður í slíkar endurbætur.
    
3. Vanda hefði þurft betur undirbúning og kaup á botndælubúnaði
   Að mati Ríkisendurskoðunar hefði Vegagerðin þurft að ígrunda betur kaup á botndælubúnaði fyrir Landeyjahöfn. Fljótlega eftir að búnaðurinn kom til landsins árið 2020 kom í ljós að afköst hans myndu ekki réttlæta kostnað við uppsetningu og var því hætt við verkið í miðjum klíðum. Um var að ræða kostnaðarsama fjárfestingu sem reyndist ekki grundvöllur fyrir. Þó svo að eitthvert gagn sé af fjárfestingunni og framkvæmdum henni tengdum sem nýtist til frambúðar við Landeyjahöfn beinir Ríkisendurskoðun því til Vegagerðarinnar að vanda betur undirbúning verka sinna í framtíðinni.

Samgöngur milli lands og Vestmanneyja hafa lengi verið til umræðu, hvort heldur sem er í lofti eða legi, en það var árið 2000 að nokkrir þingmenn lögðu fram þingsályktunartillögu á Alþingi um að þáverandi samgönguráðherra fæli Siglingastofnun að hefja rannsóknir á ferjuaðstöðu við Bakkafjöru. Eftir margháttaðar rannsóknir þar sem  úrlausnarefnið var að finna lausn á hinu kraftmikla brimi í Bakkafjöru ákvað ríkisstjórnin sumarið 2007 að framtíðarsamgöngur við Vestmannaeyjar yrðu með nýrri ferju sem siglt yrði milli Heimaeyjar og nýrrar hafnar í Bakkafjöru. Áætlanir gerðu ráð fyrir að þessi kostur væri fýsilegur bæði með tilliti til öryggis og eðlilegra frátafa. Þá var talið að kostnaður vegna dýpkunar nýrrar hafnar yrði ekki óhóflegur. 

Landeyjahöfn opnaði formlega í júlí 2010 og var kostnaður við gerð hennar um það bil á áætlun en samkvæmt samgönguáætlun 2007-2010 var stofnkostnaður Landeyjahafnar áætlaður um 3,3 ma.kr. á verðlagi ársins 2007. Þegar upp var staðið reyndist stofnkostnaður vera um 3,3 ma.kr. (2005‒14). 

Strax fyrsta rekstrarár Landeyjahafnar kom í ljós að dýpkunarframkvæmdir þyrftu að vera mun umfangsmeiri en ráð var fyrir gert. Ástæður voru tvíþættar, annars vegar vegna mun meiri sandburðar inn í höfnina m.a. vegna áhrifa frá Eyjafjallajökulsgosinu sama ár og höfnin var opnuð, og hins vegar var gamla ferjan, Herjólfur III, enn þá í notkun og þekkt var að djúprista hans myndi leiða til frátafa háð umfangi sandburðar í höfninni enda var höfnin ekki hönnuð fyrir Herjólf III. 

Áætlað var að kostnaður við dýpkun Landeyjahafnar yrði um 60 m.kr. ári (á verðlagi ársins 2008) en reyndin síðastliðin ár hefur verið um 227-625 m.kr. á ári (2011‒20). Samanlagður kostnaður við viðhaldsdýpkun á tímabilinu 2011‒20 er um 3,7 ma.kr. Reynsla af nýrri ferju sem tekin var í notkun 2019 hefur þó verið góð og frátafir vegna óhentugs veðurfars eða ónógrar dýptar í höfninni hafa verið minni en áður.

Árlegur kostnaður við Landeyjahöfn felst aðallega í viðhaldsdýpkun. Dýpkunarkostnaðurinn er ekki færður sem rekstrarkostnaður hafnarinnar, heldur sem fjárfestingakostnaður. Ljóst er þó að allar áætlanir um rekstur Landeyjahafnar voru mjög vanáætlaðar og munar þar mestu um stóraukinn kostnað vegna viðhaldsdýpkunar. Á fimm ára samgönguáætlun 2015-2018 var gert ráð fyrir framlögum upp á rúma 1,3 ma.kr. en þegar upp var staðið reyndist kostnaður við höfnina vera tæpir 2,5 ma.kr. á sama tímabili. Kostnaður við höfnina árið 2020 reyndist vera um 461 m.kr. en framlög á samgönguáætlun fyrir sama ár var áætlaður 433 m.kr. Gert er ráð fyrir sama framlagi á ári hverju 2021‒24. Þar af eru framlög vegna dýpkunar hafnarinnar áætluð 334 m.kr. á ári sem er um þreföld upphafleg áætlun um kostnað við dýpkun (á verðlagi 2022).

Árið 2018 var ráðist í framkvæmdir við Landeyjahöfn með það í huga að koma upp sérstökum botndælubúnaði á landi til að dæla sandi upp úr höfninni. Fyrri áætlanir Vegagerðarinnar gerðu ráð fyrir að slík fjárfesting myndi auka nýtingu hafnarinnar og kom búnaðurinn til landsins haustið 2020. Af uppsetningu hans varð þó ekki þar sem Vegargerðin mat síðar (2021) að afköst dælingar frá landi hefðu verið ofmetin í fyrri áætlunum. Þannig myndi reynast umtalsvert verk að koma búnaðinum fyrir í hvert sinn til þess að hefja dælingu og að henni lokinni þyrfti að taka hann aftur niður, enda þyldi hann ekki þann veðurofsa sem myndast getur við Landeyjahöfn. Við kjör aðstæður var metið að umræddur búnaður afkastaði um 2.000 rúmmetrum á dag og að mati Vegagerðarinnar er það of lítið og of kostnaðarsamt til þess að dæling af þessu tagi borgaði sig.

Í apríl 2020 samdi samgöngu- og sveitarstjórnarráðuneytið við verkfræðistofuna Mannvit um óháða úttekt á framkvæmdum í Landeyjahöfn. Skýrsla lá fyrir í október 2020 og þar kom fram að ólíklegt þykir að unnt sé að gera endurbætur á höfninni eins og hún er í dag þannig að dýpkunarþörf hverfi að verulegu leyti. Í skýrslunni er útfærður vegvísir að heildstæðri óháðri úttekt á Landeyjahöfn. Innviðaráðuneytið tók skýrsluna til skoðunar og fól Vegagerðinni í framhaldi frekari gagnasöfnun. Vegagerðin vinnur nú sérstaka rannsóknaráætlun vegna verkefnisins og er búist við að þeirri vinnu ljúki í árslok 2022.